یکی از مشکلاتی که در اجرای قانون مالیات بر ارزش افزوده برای مردم به وجود آمده است اطلاع نداشتن مردم از معافیت های مالیاتی برای برخی کالاها در این نظام مالیاتی است .
براساس قوانین مالیاتی کشور تمام کالاها مشمول قانون مالیات بر ارزش افزوده شناخته نشده و برخی از محصولات از پرداخت این نوع مالیات معاف هستند اما فروشندگان بسیاری وجود دارند که با استفاده از ناآگاهی مشتری ارزش افزوده را از مشتریان دریافت می‌کنند.
نمونه این تخلف، گرفتن مالیات بر ارزش افزوده از داروست که در برخی داروخانه ها اتفاق می‌افتد وچندی پیش سازمان امورمالیاتی این تخلف را اعلام و به مردم اطلاع‌رسانی کرد.
مطابق قانون مالیات برارزش افزوده آرد نانوایی، نان،گوشت، قند، شکر، برنج، حبوبات، سویا، شیر، پنیر، روغن‌نباتی، شیرخشک مخصوص تغذیه کودکان، انواع دارو، لوازم مصرفی درمانی، خدمات درمانی و بسیاری اقلام دیگر از این مالیات معاف هستند.