ماده۱۴۴ـ مرجع رسیدگی به اختلافات گمرکی در تشخیص تعرفه، ارزش کالا، جریمه‌ها به غیر از موارد قاچاق گمرکی، قوه قهریه (فورس ماژور) و مقررات گمرکی، کمیسیون رسیدگی به اختلافات گمرکی است. این کمیسیون مرکب از اشخاص ذیل است:
الف ـ چهار نفر عضو اصلی از کارمندان گمرک ایران
ب ـ دو نفر عضو اصلی از کارمندان وزارت صنعت، معدن و تجارت
پ ـ یک نفر عضو اصلی از کارمندان وزارت امور اقتصادی و دارایی
ت ـ یک نفر عضو اصلی به عنوان نماینده اتاق بازرگانی و صنایع و معادن ایران
ث ـ یک نفر عضو اصلی به عنوان نماینده اتاق تعاون
تبصره۱ـ اعضاء کمیسیون، از میان افراد مطلع به امور گمرکی توسط دستگاههای مزبور انتخاب می‌شوند.
تبصره۲ـ اعضاء کمیسیون هم طراز مدیرکل تلقی می‌شوند و باید حداقل دارای پانزده سال سابقه کاری مرتبط باشند و توسط رئیس گمرک ایران، وزراء مربوطه و رؤساء اتاق‌های مذکور انتخاب شوند.
تبصره۳ـ به همراه هریک از اعضاء اصلی یک نفر نیز به عنوان عضو علی البدل معرفی می‌شود.
تبصره۴ـ رأی کمـیسیون رسـیدگی به اختـلافات گمـرکـی لازم الاجراء اسـت مگر در مواردی که مبلغ مابه التفاوت بین نظر گمرک و مورد قبول مؤدی و یا ارزش گمرکی کالایی که اختلاف درخصوص شرایط ورود و صدور آن است، بیش از پنجاه میلیون (50.000.000) ریال باشد که در این صورت مؤدی می‌تواند ظرف بیست روز از تاریخ ابلاغ رأی تقاضای ارجاع امر به کمیسیون تجدیدنظر را بنماید.
تبصره۵ ـ اختلافات اشخاص با گمرک‌ها به درخواست مؤدی ابتدا در واحدهای ستادی گمرک ایران مورد اظهارنظر قرار می‌گیرد و در صورتی که مؤدی به اعتراض خود باقی باشد پرونده از طرف رئیس کل گمرک ایران و یا شخصی که به حکم وی به طور کتبی تعیین می‌گردد به کمیسیون رسیدگی به اختلافات گمرکی احاله می‌شود. برای طرح اختلاف در کمـیسیون مذکور صاحب کالا باید معادل نیم درصد (0.5%) مبلغ مورد اختلاف را به عنوان حق رسیدگی به صورت سپرده پرداخت نماید.
در صورتی که رأی صادره به وسیله کمیسیون رسیدگی به اختلافات گمرکی در تأیید نظریه گمرک باشد مبلغ مذکور به درآمد قطعی منظور می‌گردد لکن در صورتی که رأی به نفع صاحب کالا باشد یا اینکه با درخواست صاحب کالا اختلاف به کمیسیون تجدیدنظر احاله شود و رأی کمیسیون فوق به نفع صاحب کالا باشد، مبلغ سپرده مسترد می‌گردد.
اختلافات مربوط به قاچاق گمرکی در مراجع صالحه رسیدگی می‌شود.
تبصره۶ ـ کمیسیون در مورد استعلام تعرفه و اظهارنظر در مورد طرح‌ها و گزارش‌هایی که از طرف رئیس کل گمرک ارجاع می‌شود نظر مشورتی می‌دهد. در مواردی که در اجرای ماده (۴۳) این قانون تعیین تعرفه شود برای گمرک لازم الاجراء است.
تبصره۷ـ در مواردی که در حین رسیدگی به پرونده‌ها، کمیسیون با مواردی غیر از موضوع اختلاف مواجه گردد، مراتب به رئیس کل گمرک ایران منعکس می‌شود.
تبصره۸ ـ جلسات کمیسیون رسیدگی به اختلافات گمرکی حداقل با حضور شش نفر از اعضاء رسمیت می‌یابد و مصوبات آن با رأی اکثریت کل اعضاء (حداقل پنج نفر) معتبر است.
تبصره۹ـ دلایل، توجیهات و مستندات رأی باید در متن آن تصریح گردیده و نظرات اقلیت در آن ذکر گردد.
ماده۱۴۵ـ از بین اعضاء اصلی کمیسیون رسیدگی به اختلافات یک نفر رئیس و یک نفر نایب رئیس در اولین جلسه کمیسیون با رأی مخفی انتخاب و با حکم رئیس کل گمرک منصوب می‌شوند.
ماده ۱۴۶ـ کمیسیون تجدید نظر اختلافات گمرکی مرکب از اشخاص ذیل است:
الف ـ یک نفر از کارمندان وزارت امور اقتصادی و دارایی به انتخاب وزیر (رئیس)
ب ـ یک نفر از معاونین گمرک ایران به انتخاب رئیس کل گمرک ایران (نایب رئیس)
پ ـ یک نفر از کارمندان وزارت صنعت، معدن و تجارت به انتخاب وزیر
ت ـ یک نفر از قضات به انتخاب رئیس قوه قضائیه
ث ـ یک نفر از اعضاء هیأت رئیسه اتاق بازرگانی و صنایع و معادن ایران با معرفی رئیس اتاق یا یک نفر از اعضاء هیأت رئیسه اتاق تعاون به انتخاب رئیس اتاق در مورد پرونده تعاونی‌ها
تبصره۱ـ به همراه هر یک از اعضاء اصلی یک نفر نیز به عنوان علی البدل معرفی می‌شود. اعضاء کمیسیون باید حداقل دارای بیست سال سابقه کاری مرتبط باشند.
تبصره۲ـ برای طرح اختلاف در کمیسیون تجدیدنظر صاحب کالا باید معادل یـک درصد (۱%) مبـلغ مورد اختـلاف را به عنوان حق رسیدگی به صـورت سـپرده پرداخت نماید. در صورتی که رأی صادره به وسیله کمیسیون مذکور در تأیید نظریه گمرک باشد مبلغ مذکور به درآمد قطعی منظور می‌شود لکن در صورتی که رأی کمیسیون فوق به نفع صاحب کالا باشد مبلغ سپرده مسترد می‌گردد.
تبصره۳ـ کسانی که به عنوان عضو کمیسیون رسیدگی به اختلافات گمرکی، در مورد پروندهای رأی داده باشند حق شرکت در کمیسیون تجدیدنظر و رأی دادن درباره همان پرونده را ندارند.
تبصره۴ـ آراء صادره به وسیله کمیسیون تجدیدنظر قطعی و لازمالاجراء است و فقط تا مدت سی روز از تاریخ ابلاغ رأی از نظر شکلی قابل شکایت در دیوان عدالت اداری می‌باشد.
ماده۱۴۷ـ اعـضاء کمیسیون‌ها به موجب احکام رسمی اداری برای مدت دو سال انتخاب می‌شوند و به جز در صورت بازنشستگی، استعفاء، حجر، محکومیت اداری یا کیفری، انتقال به سازمان‌های دیگر و غیبت غیرموجه بیش از سه جلسه متوالی، در مدت مذکور قابل تغییر نمی‌باشند.
تبصره ـ عضویت در کمیسیون‌ها فقط برای یک دوره دوساله دیگر قابل تمدید است.
ماده۱۴۸ـ در مواردی که تعداد پرونده‌های ارجاعی به کمیسیون ایجاب نماید، رئیس کل گمرک ایران می‌تواند از وزیران و مراجع مذکور در مواد (۱۴۴) و (۱۴۶) تقاضا نماید که اعضاء بیشتری را برای تشکیل کمیسیون‌های جدید رسیدگی به اختلافات گمرکی و تجدیدنظر برای مدت معین معرفی نمایند. در این صورت سایر دستگاه‌ها نیز مکلفند نسبـت به معرفی اعضاء مورد درخواست با رعایت شرایط مقرر در این قانون اقدام نمایند.
ماده۱۴۹ـ آراء کمیسیون‌ها در مورد پرونده‌های مشابه قابل تعمیم نیست ولی واحدهای ستادی گمرک ایران می‌توانند به آخرین آراء قطعی کمیسیون‌ها که آراء کمیسیون رسیدگی به اختلافات گمرکی و تجدید نظر منطبق بر هم باشد در موارد مشابه و وحدت موضوع، مشروط بر آنکه اینگونه آراء مورد پذیرش صاحب کالا نیز قرار گیرد استناد نمایند.