اعتراض به مالیات و مراجع رسیدگی به اختلاف مالیاتی بدین صورت می باشد:
1- مؤدی ظرف سی روز پس از ابلاغ برگ تشخیص می‌تواند به مندرجات برگ تشخیص اعتراض نماید. در ابتدا جهت تسریع نمودن رسیدگی، اعتراض به صورت اداری مورد بررسی قرار می‌گیرد.
اگر اداره مالیاتی مربوطه اسناد و مدارک را موثر در تعدیل درآمد تشخیص دهد آن را تعدیل می‌نماید.
لذا در صورتی که موجبات رضایت مؤدی فراهم گردد ظهر برگ تشخیص به امضای مؤدی و مسئول مربوطه می رسد که اختلاف موجود بین مؤدی و دستگاه مالیاتی حل و فصل گردیده و پرونده مختومه می‌شود و مؤدی موظف به پرداخت مالیات متعلق خواهد بود. در غیر این صورت، پرونده جهت رسیدگی به هیئت حل اختلاف مالیاتی ارجاع می‌گردد
2- هیئت حل اختلاف مالیاتی بدوی:
هر هیئت حل اختلاف مالیاتی از سه نفر تشکیل خواهد شد
رای هیات با اکثریت آرائ قطعی و لازم الاجرا است. مگر اینکه مودی ظرف 20 (بیست) روز از تاریخ ابلاغ رای به وی، بطور کتبی اعتراض نماید که در این صورت پرونده جهت رسیدگی به هیات حل اختلاف مالیاتی تجدید نظر ارسال خواهد شد
3- هیئت حل اختلاف تجدید نظر:
رسیدگی در هیئت‌ها اصولا به صورت حضوری است و مؤدی یا نماینده وی و نیز نماینده اداره امور مالیاتی می‌توانند در جلسه رسیدگی حاضر شوند. وقت جلسه بایستی به آنان ابلاغ گردد و تاریخ ابلاغ و روز جلسه نباید کمتر از ده روز باشد. لیکن عدم حضور آنان مانع از رسیدگی هیئت نخواهد بود
رای هیات تجدید نظر قطعی و لازم الاجراست، در این حالت حوزه مالیاتی می‌تواند بلافاصله پس از دریافت رای نسبت به صدور برگ قطعی اقدام نماید.
4- شورای عالی مالیاتی:
مودی یا اداره امور مالیاتی می توانند ظرف یک ماه از تاریخ ابلاغ رای قطعی هیات حل اختلاف مالیاتی تجدید نظر، به استناد عدم رعایت قوانین و مقررات موضوعه یا نقص رسیدگی، با اعلام دلایل کافی به شورای عالی مالیاتی شکایت و نقص رای و تجدید رسیدگی را درخواست کنند. (به شرط تامین وثیقه کافی نسبت به مبلغ مالیات)
5- هیئت موضوع ماده 251 مکرر ق.م.م:
در مورد مالیات‌های قطعی که در مرجع دیگری قابل طرح نباشد و به ادعای غیر عادلانه بودن مالیات مستندا به مدارک و دلایل کافی از طرف مؤدی شکایت و تقاضای تجدید رسیدگی شود وزیر امور اقتصادی و دارایی می تواند پرونده امر را به هیأتی مرکب از سه نفر به انتخاب خود جهت رسیدگی ارجاع نماید. رأی هیأت به اکثریت آرا قطعی و لازم الاجرا می‌باشد.
6- دیوان عدالت اداری:
دیوان صلاحیت رسیدگی به اعتراضات و شکایات از آرا و تصمیمات کمیسیون‌های حل اختلاف یا شورای عالی مالیاتی یا کمیسیون مقرر در ماده 251 مکرر را دارد.