تشکیلات گمرکی در ایران سابقه دیرینه دارد. در زمان اشکانیان (سده سوم قبل از میلاد) سازمان منظم گمرکی وجود داشته و شعب آن در مرزها آمار واردات را در دفاتر مخصوصی ثبت و حقوق معینی دریافت می‌کردند.
در این دوره صادرات از پرداخت حقوق گمرک معاف بوده است.
در زمان ساسانیان (سده چهارم تا ششم میلادی) حقوق گمرکی به میزان یک دهم ارزش یا مقدار از واردات دریافت می‌شده است.
با ورود اسلام به ایران این رویه در سایر ممالک اسلامی رایج گردید. در دوره صفویه عوارض گمرکی کالاها با توجه به بهای آن تعیین می‌شد.
از سال 1053 هجری شمسی (1674 میلادی) گمرک به صورت اجاره ای اداره می‌شد و این ترتیب بیش از دو قرن ادامه داشته است.
در سال 1336 هجری شمسی (1957 میلادی) گمرک به وزارت منظم و از 1345 هجری شمسی (1966 میلادی) از وزارت اقتصاد مجزا و به وزارت دارایی ملحق شد.
هم اکنون گمرک ایران از سازمانهای وابسته به وزارت امور اقتصاد و دارایی است.